故事背景设定在星元122年，这是一个众多企业扩展至宇宙、构筑巨大经济圈的时代。主角斯莱塔·墨丘利作为高达公司的一员，转学到阿斯提卡西亚高等专门学园，与米奥莉奈·伦布兰的新郎开始了充满刺激和邂逅的学园生活。

在奎达工厂事件两周后，斯莱塔充满期待地等待着与米奥莉奈的再会。而米奥莉奈则在贝纳里特集团本部照看着她的父亲，背负着重大责任。

然而，新的困难和决断逐渐逼近，少女们需要面对机甲高达带来的强大诅咒。他们怀抱着各自的感情，勇敢地应对着未知的挑战。