故事的主人公是小玛丽，一个在印度失去了双亲的小女孩。她被送到英国的亲戚家，由她的姨丈克克莱文勋爵接管。在勋爵庄园里，有一个神秘的花园，传说中是不祥之地，因为她的姨妈曾在花园的秋千上不幸身亡。克克莱文勋爵为了避免相同的悲剧，永远将花园的门锁上，钥匙也一直被藏在姨妈的小柜里，而他也一直不愿见到自己的儿子，担心同样的诅咒会降临。

然而，小玛丽通过一只灵性的知更鸟找到了花园的门，用钥匙打开了它。在庄园中，她遇见了克克莱文勋爵的儿子科林，一个因为疾病而被禁锢在房间里的孩子。小玛丽秘密地去看望科林，带来了阳光和希望。她还结识了庄园的园丁迪肯，他也成为了她的朋友。

在玛丽和迪肯的陪伴下，科林开始坐着轮椅去探索秘密花园，克服了自己走路的恐惧。最终，玛丽和科林的坚持和努力，让克克莱文勋爵重新获得了对家庭的渴望，他回到了庄园，并与儿子团聚。玛丽也成为了这个家庭的一员，一切变得美好而充实。