电影《少年黄飞鸿之铁马骝》发生在清朝末年,腐败的官吏令百姓苦不堪言。在浙江地方,一位神秘的蒙面侠士“铁猴子”崭露头角,以两年来的行动劫富济贫,令贪婪的知府们束手无策。这位铁猴子在白天的身份是杨天淳,他是位大夫,以妙手仁心深受乡邻爱戴。
为了捉拿铁猴子,一位贪婪的知府采取了苛刻手段,拷打无辜百姓。黄麒英和他的父亲黄飞鸿恰巧路过此地,卷入了这场纷争。知府见到黄麒英的武艺过人,便扣押了黄飞鸿,试图通过威胁他来逼迫黄麒英帮助捉拿铁猴子。然而,当黄麒英与铁猴子交手后,二人却彼此产生了一种默契和共鸣。
局势变得更加错综复杂,因为朝廷派遣了一位钦差前来处理铁猴子的问题。这位钦差的真实身份却是少林寺的叛徒衍空。他使用大力金刚掌击伤了铁猴子,引发了一场惊心动魄的斗争。原来,黄麒英是少林的弟子,他联合铁猴子,决心清理少林的门户,揭露那些背叛寺庙的罪行。