直枝理树（堀江由衣 配音）是一个孤僻的孩子，童年的悲惨遭遇让他变得沉默寡言，没有朋友。他长着一张娃娃脸，成了大家眼中的怪胎。然而，一天，一位性格傲娇、热爱猫咪的少女，枣铃（民安智惠 配音），闯入了他的生活

《小小克星！》电影讲述了理树和枣铃之间的不寻常冒险。理树的孤独生活开始变得多姿多彩，因为枣铃的阳光性格和稳重可靠。枣铃是一位独立、坚强的女孩，她教会了理树如何与人交往，如何欣赏生活中的美好事物。

电影中的情节充满了温馨和感动。观众将目睹理树和枣铃之间的友情逐渐加深，以及他们共同克服生活中的困难。枣铃用她的坚强和善良影响了理树，让他重新找回了童年的快乐和信心。