电影《奇迹探长之隐秘危机》讲述了主人公阿逗的一段引人入胜的冒险故事。阿逗，陈德清的全名，生长在一个警察家庭。他从小就崇拜着福尔摩斯侦探，但他的父亲却因公殉职，留下他和母亲相依为命。阿逗唯一的朋友可能和王大壮，两人一直陪伴着他

阿逗热衷于在街头观察生活中的细节，培养了与众不同的洞察力。他最大的梦想是写一本侦探小说，为此他常常光顾图书馆文献室查阅旧资料。然而，有一天，他在文献室偶然发现了一个神秘的箱子，里面藏着一名受伤严重的人。与此同时，两名黑衣人闯入图书馆，引发了一场惊心动魄的追逐。

在与黑衣人激烈争夺箱子的过程中，阿逗竟然神奇地穿越到了1947年的民国时代的德清。陷入了惊恐和不解之中，阿逗不得不与民国的王警长联手，共同追寻线索，解决案件。这位来自现代的宅男屌丝开始了一场惊险刺激、充满奇妙旅程的冒险。