在明朝万历年间，贵妃童娘娘为了将自己的儿子推上太子之位，与东厂公公曹花若合谋，大肆诛杀直谏的御史，导致京城内外腥风血雨。曹花若的义子之一，马行空，成为了这场血腥事件的执行者。马行空的父亲曾是朝廷高官，但在一场官场风波中丧生，年幼的马行空被曹花若收养，并成为他的杀手工具。

马行空执行了一份由贵妃童娘娘和曹花若拟就的诛杀名单，屡次成功地执行了任务。然而，随着时间的推移，他开始对自己的魔鬼行径产生后怕和反思。在一次偶然的相遇中，他结识了琴师灵儿，一个纯真的哑女。与灵儿在一起时，马行空感受到了本真的情感，这使他萌生了退隐之念。

为了保护灵儿，马行空决定背叛师门，这导致了与曹花若的决裂。然而，曹花若不会轻易放过他，派遣义子仇虎和冷战追杀他。在一番追逐和厮杀后，马行空受伤严重，但幸运的是，他得到了少林寺慧善大师的医治。

然而，曹花若不甘心失败，亲自前来少林寺，挟持灵儿，威胁寺内的僧人。这一次，马行空必须面对家仇国恨，与曹花若的决战。在刑部总捕头张无忌的助阵下，马行空与曹花若的对决达到了高潮，最终以曹花若的死幕结束。