故事背景设定在巴西的亚马逊丛林中，这个神秘的地方一直充满着未知和危险。影片讲述了一群人克服重重险阻，勇往直前，寻找"丛林之心"的故事。船长勒贝克接受了阿曼达兄妹和薇拉的包船请求，带领他们去寻找失踪的考古学家，也就是阿曼达的父亲内森。薇拉作为雇佣内森的公司代表，与兄妹之间存在着一些摩擦和矛盾。

故事中，两组人面临着来自当地野生动物和神秘丛林神祇的威胁，让紧张关系更加显著。然而，他们必须克服这些困难，因为他们要根据内森的日记中的线索，前往传说中的"桑赛伊达"，以寻找守护丛林的绿宝石，即"丛林之心"。

整个冒险充满了惊险与刺激，阿曼达和薇拉在丛林中遭遇各种危险，包括毒箭蛙、食人鱼、巨蟒、蜘蛛，甚至是敌对的部落。他们的决心和勇气在面对这些威胁时得到了考验，同时也表现出对未知世界的探索精神。