缅因猫兽再次陷入暴走状态，这一次的原因是一位神秘男人，他的面容看似神秘莫测。他的存在似乎涉及到一项危险的计划，一个可能毁灭世界的计划。这个神秘男人声称：“不能让你诞生在世上。” 这使得缅因猫兽的现实存在受到了质疑，而它似乎是连接这个计划的关键。

西岛大吾以及望月博士身边出现的黑客兽开始逐渐解开这一谜团，他们揭示了缅因猫兽的真正力量和背后的危险性。恒常性，负责维持世界的平衡，认为现在的缅因猫兽已经变得过于强大，可能对世界构成威胁，因此决定要将其消灭。

随着缅因猫兽的暴走，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。异变接连发生，影响到越来越多的地点。与此同时，那些因歪曲而现身的数码宝贝们也在等待着某一时刻的来临。