在日本的未来，一场激动人心的战斗即将展开。为了保护这个美丽国家，人们不得不应对“黑暗新干线”上出现的巨型怪物威胁。这个壮丽而又危险的世界中，唯一的希望就是“新干线变形机器人SHINKALION”
SHINKALION并不是普通的机器人，它们有着无与伦比的能力，可以在瞬间变形成各种交通工具，从新干线列车到快速的磁浮列车，甚至是飞行器。这些机器人由那些与之契合度高的孩子们操控，这些孩子将成为SHINKALION的司机，肩负着保卫国家的责任。
SHINKALION的超进化研究所是这个壮丽机器人团队的基地。研究人员们倾尽全力，不断提高机器人的性能，以应对“黑暗新干线”上强大的敌人。这些敌人的来历和目的令人费解，但他们的威胁绝对不可小觑。
