电影《清宫秘史》带领观众重回清光绪年间，一个动荡不安的历史时期。在这个时期，中国面临着内外交困的严峻挑战，国家的存亡危机悬而未决。光绪皇帝虽然是当朝之君，但实际上却受到慈禧太后的垂帘听政，失去了自主权，宛如一个无力自主的傀儡。

在这个背景下，户部尚书翁同龢尝试通过教育光绪皇帝，使他学习经义并注重国家政治事务，唤醒他的改革意识。光绪宠妃珍妃也积蓄财富，为国家军费提供支持。国家形势的恶化和甲午战败导致了翁同龢离开宫廷，而康有为被推荐给皇帝。

随着康有为的介入，光绪开始推动变法运动，但慈禧太后领导的顽固派坚决反对，导致了两派之间的剧烈冲突。太后和顽固派制定了计谋，试图在天津阅兵时废黜光绪皇帝，而维新派也采取行动，派遣袁世凯刺杀荣禄。