宁采臣（张国荣饰）的命运在一场大雨中发生了改变，他躲进了兰若寺，却与幽魂少女聂小倩（王祖贤饰）的命运交织在一起。 宁采臣在寺庙中偶遇了琴音幽幽的聂小倩，却不料聂小倩是一个被邪恶势力控制的幽魂，每夜寻找壮男的阳气来满足邪恶树妖姥姥（刘兆铭饰）。尽管宁采臣误认燕赤霞（午马饰）为凶手，但他的善良和正直引起了聂小倩的注意。聂小倩的内心逐渐萌生爱意，但燕赤霞一直阻挡他们的爱情。 树妖姥姥迫使聂小倩杀害宁采臣，但聂小倩拒绝了这一命令。于是，姥姥命令众魔将二人置于生死危险之中。幸运的是，燕赤霞出现，拯救了他们。在一场激烈的战斗后，燕赤霞封印了树妖姥姥一百年。 宁采臣终于得知聂小倩的真实身份，她是一位幽魂，因为尸骨被抛弃在荒野，被姥姥操控，为其夺取阳精以延寿。宁采臣答应将聂小倩的尸骨归还自然，以免再受折磨。然而，聂小倩却被地府老妖抢走，成为他的妻子。 宁采臣不愿放弃，一次又一次地请求燕赤霞的帮助，最终，他们成功解救聂小倩，这段生死情缘终于有了圆满的结局。
