在未来的某一天，宇宙开发中心的上空忽然发现了一艘来历不明的太空船，这艘太空船被称为葛洛卡母舰。随着它的出现，一位神秘女子，藤原树理（杰斯提斯），也闯入了这个宇宙的舞台，将她的注目点对准了一个名叫武藏的年轻男子。而很快，宇宙开发中心也不得不应对一波葛洛卡的袭击，这个宇宙的和平被打破。

高斯奥特曼及时出现，开始了与葛洛卡的激烈对抗。然而，葛洛卡的数量迅速增加，高斯奥特曼陷入了巨大的危机。幸运的是，武藏和高斯决定合体，变成了强大的日蚀形态，并发射静止光束，暂时阻止了两台葛洛卡的进攻。

然而，事情并没有那么简单。藤原树理对高斯的信仰产生了怀疑，她不明白为什么高斯如此看重梦想，将其置于宇宙正义之上。因此，她变身为杰斯提斯奥特曼，并协助两台葛洛卡击败了高斯，还摧毁了宇宙运送火箭宇宙诺亚。藤原树理的真正目的是什么？

随着剧情的发展，揭示出了惊人的真相。神秘女子藤原树理并不是来地球维护宇宙正义的，她的目的是与德拉西翁一同使用行星破坏机械千兆恩多拉，将地球上的所有生命归零，将一切重置，将地球变成一片死寂。

这个可怕的消息传遍了世界，引起了各国政府和军事部门的警觉。人类终于意识到，他们必须联合起来，捍卫地球和自身的正义。然而，他们的反击似乎无法撼动对方的坚决决心。葛洛卡继续派遣更多的战斗机器，试图扼杀人类的反抗意志。

高斯奥特曼虽然被击败，但地球和其上的所有生命都被判了死刑。这是地球诞生以来面临的最大毁灭威胁。人类陷入了自己的思考，他们为什么要受到宇宙势力的追剿？为什么他们要成为宇宙正义的否定对象？

在这一危机时刻，武藏的亲人和队友们坚信高斯和武藏并没有消失，他们不断地四处搜寻，寄望奇迹能够出现，拯救地球和人类的未来。