电影的剧情承接自TV动画版的第24集，讲述了在第十七使徒被消灭后，NERV组织的工作似乎已经结束，各个部门的职员们正在谈论未来的去向。然而，突然之间，NERV本部遭到了战略自卫队（战自）的袭击。原来，战自得到了消息，称NERV企图引发“第三次浩劫”，因此他们决定采取行动。

电影中，观众将见证NERV组织与战自之间的紧张对抗。同时，碇真嗣、绫波丽等主要角色也将面临新的挑战和考验。这部电影将探讨机器人战斗、心灵联系以及人类存在的命运等深刻主题，为观众呈现了一场视觉和思想上的震撼之旅。