剧情始于皇帝巡海，太子建文亲眼目睹了自己的亦师亦友郑提督突然弑君的惨剧。这一事件改变了一切，太子建文被朝廷诬陷为弑父夺位，不得不慌乱中驾驶青龙灵船逃回泉州，企图向燕王叔叔寻求帮助。 然而，郑提督接受监国燕王的命令回到泉州对建文进行缉拿，使得建文太子不得不展开一场险象环生的逃亡之旅。在这个旅途中，他结识了东瀛忍者七里、蒙古水师统领腾格斯，以及博物学家佛郎机人哈罗德。这四个人在冒险的过程中建立了深厚的友情。 他们的目标是南海蓬莱岛最大的海盗破军基地，他们希望在那里查明郑提督弑君的真相。然而，朝堂内外各方势力蠢蠢欲动，郑提督也面临着重大的挑战，他必须在这些条件下继续保护建文太子，同时查探皇帝魔化事件的真相。
