在过去的五年里，Amazon几乎被驱逐，世界似乎进入了一段相对宁静的时期。然而，一个新问题正在不断蔓延：普通人被感染后变成了Amazon。为了应对这一情况，政府成立了一个新组织，名为4C，他们的任务是秘密地消灭那些已经变成Amazon的人类。 故事的焦点之一是年幼时被Amazon抚养长大的少年千翼，他变身成了假面骑士Amazon Neo，与Amazon展开了激烈的战斗。然而，当他面对一个名为优的少女时，一切都变得不同了。这位少女变身成了乌鸦Amazon，并以生物兵器的身份与千翼战斗。但是，令千翼意外的是，他第一次没有被“想吃”的冲动所驱使，而是被优吸引住了。然后，千翼发现了优的真实身份，她是一个被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
