电影《人类瑕疵大学》讲述了一位名叫佐竹博文的死刑囚的故事。佐竹博文因残忍地杀害了自己的婚约对象而被判处死刑。然而，他展现出了不同寻常的生存能力，一次又一次地从生死线上挣扎着生还下来，因此他被戏称为“不死之人”
故事的转折点在于一个名为“人类瑕疵大学”的研究机构对佐竹产生了浓厚的兴趣。这个机构专门研究发生在现实生活中的奇迹事件以及其中涉及的个体。佐竹博文成为了他们的研究对象，他开始向研究人员讲述了他那不朽而不幸的日常生活的记忆。
观众将跟随佐竹博文的回忆，逐渐揭开他为何杀害自己的婚约对象的谜团。随着故事的发展，真相渐渐浮出水面，揭示出一个巨大的阴谋正在幕后操控一切。
