电影《只有大海知道》讲述了马那卫和年轻老师游仲勋的故事，以及他们共同追逐梦想的经历。马那卫自小由祖母养大，一直盼望着爸爸能回到兰屿陪伴他成长。游仲勋则是一位年轻的老师，渴望能够在台湾工作，并争取记功嘉奖，早日调回台湾

故事的转折点出现在学校报名参加全国原住民舞蹈大赛的时候。仲勋自告奋勇担任指导老师，而马那卫则希望能趁机到台湾看望爸爸。但在集训过程中，仲勋却发现孩子们对代表达悟文化的丁字裤感到排斥，不愿意穿着它上台表演。

为了让孩子们能够顺利登台演出，仲勋开始尝试理解和鼓励他们。他深入了解他们的文化，试图从中找回孩子们的骄傲和勇气。这个过程充满了挑战，但仲勋和孩子们都坚持不懈。

最终，当他们踏上台湾的土地时，仲勋和马那卫的梦想也发生了转变。他们不仅仅是为了赢得比赛，更是为了传承和弘扬自己的文化，让更多人了解和尊重原住民的传统。