故事情节紧扣夜叉姬的使命，同时揭示了更多的秘密。主角夜叉姬和日暮ひぐらし，作为殺生丸的娘儿，穿越时空回到战国时代，寻找双胞胎妹妹せつな失去的记忆。他们的任务与一个神秘的胡蝶こちょう有关，这个胡蝶可能关乎他们的命运。然而，故事中还出现了与夜叉姬一家有千丝万缕联系的獣王・麒麟丸きりんまる的姐姐・是露ぜろは，她对被预言将会打败弟弟的半妖充满敌意，密谋着要消灭夜叉姬一家......

第二季延续了第一季的精彩，扩展了角色之间的复杂关系和情感纠葛。