电影《叹别离》承载着末清初的历史背景，深刻展现了那个混乱时代的种种纷乱。在这个故事中，主角朱慈燃被生生世世的命运飘零至民间，从婴儿时代就注定与宫廷别离。而随着明朝天启帝的离世，混战拉开序幕，新皇帝崇祯登基后，明王朝的统治逐渐岌岌可危。各路军阀、势力纷纷兴起，闯王李自成和后金努尔哈赤等人开始反抗明朝的统治，使得乱世一发不可收拾

然而，朱慈燃成了政治势力争夺的焦点。为了保护这位被冷延泉找回的太子，他被送至灵岩寺，伪装成僧侣。然而，这个安排并未长时间保密，清朝的大太监刘明喜得知太子的下落，率领锦衣卫前来寻找。故事的转折点随之出现，朱慈燃和他的保护者们必须面对新的威胁，而同一时期的左家军和大顺势力也在酝酿着变革的浪潮。