在《Fairy gone》的世界里，存在着一种特殊能力，那就是能够将妖精变身为兵器的能力，被称为“妖精兵”。这些妖精兵的存在改变了整个世界的格局，成为了战争中的重要力量。
故事发生在距离一场战争结束已有九年的时代，然而，政局依然不稳定。在这个充满变数和危机的时刻，一群以复仇为目的的恐怖份子崛起，他们试图报复曾经在战争中受伤的人们。
主角玛莉亚诺耶尔曾经亲历了战争，亲眼目睹了故乡的毁灭。而另一位主人公维洛妮卡伊，虽然也在战争中幸存下来，但她选择成为了复仇者。这两位主角的命运交织在一起，他们决定加入“Dorothea”，这是一家专门负责取缔违法使用妖精的机构。
