《日本少林》故事承载了一段少林武学的传承与对决。一百多年前，武天行将少林武学传扬至日本，引起四大御前侍卫家族的挑战。历经连败，最终与千叶奔雷展开了惊心动魄的大战

千叶奔雷虽败，心志未曾动摇，渴望再与武天行一战。武天行敬重其真正的武者精神，答应了他的请求。即便自己殒落，子孙也将接受挑战。

一百年后，千叶家后人千叶归一不断寻找武家传人，挑战少林派武馆。然而，归一只知练武复仇，对于生计一窍不通，甚至只得行乞为生。

与此同时，武家传人武道一与从小相识的子慧在渔村相遇，两人在同一豆腐店工作。道一在店的天井内开设武馆，然而多年来只有一个人拜他为师。

在道一的父亲临终前，他嘱咐儿子不可轻易动武，并将一颗佛珠托付给了他，希望他在出手前三思而行。这颗佛珠成为了一份珍贵的遗物，也承载了父子间的期许与信任。