故事发生在乐高小人艾米特的世界，这个世界因神秘外星入侵者的突然降临而再次陷入危机之中。这次的挑战让艾米特不得不再次联合他的好友，以拯救这个多彩的乐高宇宙。 神秘外星入侵者的到来彻底改变了事情的走向，他们将艾米特的家园布里克斯堡变成了一片废墟。尽管大多数市民都变得坚强，包括艾米特的伙伴露西，但艾米特仍然保持乐观，充满希望，即使在这个危机四伏的世界中。 然而，外星人军队的首领梅亨将军的出现改变了一切。梅亨将军宣布，她的女王希望嫁给蝙蝠侠，以实现两个世界的和平。为了达到这个目标，她绑架了蝙蝠侠、露西、本尼、胡须钢和独角猫。在朋友们被绑架的危急情况下，艾米特决定独自前往太空，以营救他的伙伴们。 在他的冒险旅程中，艾米特结识了雷克斯，一位勇敢的考古学家、牛仔和猛禽训练师。雷克斯愿意协助艾米特，一同阻止“我们的妈妈—末日之战”的预言成真，保卫银河系。 与此同时，在现实世界中，芬恩的妹妹比安卡也参与到了故事中，她和芬恩为了乐高积木的争夺而发生了争执。这场争吵导致他们的妈妈感到不高兴，她警告孩子们如果他们不能和睦相处，将没收他们的乐高积木，这将引发“我们的妈妈—末日之战”的预言。
