电影《谜一样的双眼2009》带领观众进入了一段悬疑重案的深层调查，退休检察官本杰明·艾斯玻希多（由里卡杜·达林饰演）对一桩25年前的奸杀案念念不忘。这个案件涉及到当年年轻的女教师莉莉安娜·科洛托（卡拉·奎沃多饰）和银行职员里杜卡·莫拉莱斯（帕博罗·拉格饰）的爱情，然而，幸福的婚姻计划却在莉莉安娜在公寓中遭到奸杀的悲剧中戛然而止。

当时的司法体制充斥着腐败，本杰明的同事匆忙找了一个外来移民作为替罪羊，将案件草草了结。然而，时隔25年，本杰明决定重新调查这个案件，却发现了更为触目惊心的真相。