《刀剑神域进击篇：暮色黄昏剧场版》带领观众再次踏入了虚拟现实的神奇世界。在这个世界里，首个VRMMORPG游戏《Sword Art Online》已经不再是简单的游戏，它成为了一场“死亡游戏”。一万名玩家被困在游戏中，时间已经过去一个多月，他们的生命悬于一线。

故事的焦点聚集在攻略了钢铁浮游城“艾恩葛朗特”第一层的亚丝娜和桐人身上。这对搭档决定继续前行，以最顶层为目标，继续他们的冒险旅程。然而，虚拟世界中的冲突不仅仅存在于游戏任务中，两大精英公会“ALS”（艾恩葛朗特解放队）和“DKB”（龙骑士团）之间也爆发了激烈的对抗。这场冲突的背后隐藏着一名神秘的幕后黑手，他在暗中操控着整个游戏世界。

在这个危险而充满未知的虚拟世界中，桐人和亚丝娜不仅要面对攻略的压力，还要应对另一种更加隐蔽的“威胁”。这一威胁将他们卷入了一场命悬一线的战斗，他们必须克服重重困难，不断进化，才能寻找到逃脱游戏的出路。