《86 -不存在的战区》第二季延续了原剧情，讲述了圣格诺利亚共和国面对吉亚迪的强大威胁，开发出了名为“毁灭之力”的无人战斗兵器，但实际上是由被称为“86”的人类驾驶的机甲。这些“86”被当作工具和道具，受到不公平的对待。

故事聚焦于“先锋战队”的队长少年辛艾，他为了某个目的在绝望的战场上奋不顾身。与此同时，共和国军队的精英蕾娜成为新任指挥管制官，她曾在小时候被“86”所救助，因此决心要将这些被社会轻视的人们当作正常的人类对待。