电影《深海巨妖》讲述了一个充满惊险与血海重仇的故事。故事的主人公是蒋云飞，他与妻子以及一行人前往一艘幽冥船寻找在船上失踪的孩子妙妙。他们在船上却遭到了幽冥王及其手下的攻击，导致蒋的妻子和随行的副官惨遭杀害。尸体被残忍处理，左右颠倒，只有蒋云飞被留下，成为唯一的幸存者。

多年后，一位名叫王大雁的身手敏捷、鬼灵精怪的人物出现在故事中。她在魔船上丢失了妹妹，并巧遇了一直在寻找失踪亲人的北洋军人蒋云飞。两人联手，经过一番重重追查，得知他们亲人的失踪与幽冥王有关。于是，他们决定展开一连串匪夷所思且惊险无比的海上大战，以揭开事件背后的真相，追求正义，并寻找失踪的亲人。