电影《少林五祖》讲述了清廷对少林寺的火烧事件,以及五名少林弟子的艰难复仇之路。这个故事背景设定在清朝时期,当时清廷将少林寺视为眼中钉,派遣奸细深入寺庙,策划了一场毁灭性的火烧事件。寺中的僧人和俗家弟子勇敢地应战,但绝大多数不幸丧命。
幸存下来的方大洪(由孟飞饰演)逃到广东,并与李式开(戚冠军饰演)相遇,二人商议如何继续反清复明的使命。与此同时,胡德帝(姜大卫饰演)、蔡德忠(狄龙饰演)、马超兴(傅声饰演)等人则北上中原,追查少林寺内部的内奸,决心为死去的少林弟子报仇。
这五名勇士最初对少林功夫有所怀疑,但后来他们意识到问题并不在于少林功夫,而是因为自己的学艺不精。于是,他们下定决心潜心修炼,最终成为了正统的武学传承者,被后人尊称为“少林五祖”。