故事开始，阿宝仍然是那个憨厚、热爱功夫的熊猫，但他内心一直困扰着一个问题：自己的身世。他一直怀疑着自己为什么是一个熊猫，而不是一个真正的龙战士。在前两部电影中，阿宝已经证明了自己是一位出色的功夫大师，但他的内心一直存在着不安。

然而，阿宝的生活在一次偶然的机会中发生了巨大变化。他的亲生父亲突然出现，揭示了阿宝的身世之谜。父子二人一起来到一个神秘的熊猫乐土，这里充满了欢笑和热情的熊猫村民。阿宝在这里找到了失散多年的亲人，也重新连接了与自己同胞的联系。

然而，正当阿宝以为自己可以过上幸福的生活时，邪恶的势力再次威胁到中原大地。一位名为天煞的大反派出现，他拥有强大的神秘力量，威胁要摧毁所有的功夫高手。面对这一新的威胁，阿宝必须迎难而上，将熊猫村民们训练成强大的功夫熊猫，以保卫家园和挫败邪恶势力的阴谋。