《神盾局特工第二季》是一部扣人心弦的科幻动作剧集，承接了漫威电影宇宙的故事线，为观众带来了更多的惊险和刺激。

剧集中，神盾局特工们正处在一个充满挑战的时刻。在超级英雄和外星人的存在已成为全球共识的情况下，神盾局也面临着新的现实和问题。曾经强大的组织如今却沦陷成了恐怖组织，九头蛇的渗透令神盾局陷入混乱。然而，菲尔·科尔森（克拉克·格雷格饰）并没有放弃，他在尼克·弗瑞（塞缪尔·杰克逊饰）的支持下，开始着手重建神盾局，清理余波，同时也需要与政府建立信任关系。

科尔森领导着团队，在世界各地寻找九头蛇的余党，以揭开更大的阴谋。与此同时，昔日的伙伴沃德（布雷特·道顿饰）如今已变成背叛者，却成为他们唯一的线索。科尔森逐渐发现，他复活后所带来的“副作用”影响着他的判断力和自控能力，他为了寻找真相甚至不惜派遣队员冒险，使神盾局频频陷入更大的危机。