《阿凡达》讲述了一个全新的故事，距离第一部电影已经过去了十多年。在这个故事中，观众能够看到杰克·萨利（萨姆·沃辛顿 饰）与妮特丽（佐伊·索尔达娜 饰）组成的家庭，以及他们的孩子们所面临的危机。

故事从杰克与妮特丽一家人的田园牧歌般的生活开始，这个家庭拥有了三个孩子和一个收养的女儿。这些孩子都各自有着自己的个性，例如老大纳特亚姆（杰米·福雷特斯 饰）懂事听话，老三洛克（布里坦·道尔顿 饰）爱冒险。这些孩子都跟蜘蛛（杰克·尚皮永 饰）这个孤儿形影不离，成为了好朋友。

然而，家庭的平静生活被迈尔斯·夸里奇上校（史蒂芬·朗 饰）的归来打破。迈尔斯·夸里奇上校化身阿凡达想要复仇，而杰克决定带着家人离开，前往不易被找到的海洋部落，展开全新的生活。这里是由罗娜尔（凯特·温斯莱特 饰）和特诺瓦里（克利夫·柯蒂斯 饰）领导的部落，这里以水为家园。在这里，一家人经过重重磨合，逐渐适应了这种新的生活方式。

然而，当一切看似平静之时，新的危机又悄然降临。杰克一家人面临了新的挑战，必须要团结一心，共同面对这个危机。这些危机可能会让家庭面临生死存亡的考验，也可能会让他们变得更加坚强。