故事发生在公元4世纪的埃及，这个古老的文明古国有着领先于世界的先进文化，更是有一批致力于科学研究的领航者，亚历山大城的希帕提娅（蕾切尔·薇姿饰）就是其中之一，她是当时埃及杰出的数学家、占星家和哲学家，而且她对于埃及古文明的智慧非常感兴趣，一直在做着收集整理的工作，因为她的工作内容与当时逐渐兴起的基督教观点相悖，她便被基督教徒视为异己，总想除之而后快

希帕提娅的奴隶达乌斯（麦克思·明格拉饰）处于矛盾之中，他深爱着自己的主人，想保护她不允许别人的侵害，同时，他也希望自己能加入基督教来换取自由，这种矛盾是不可调和的，让达乌斯在痛苦中不断挣扎，最终，希帕提娅还是死于基督教的暴民手中，但是她传播科学文明的意志仍然继续着。