《放课后少年花子君》是一部以海鸥学院七大不可思议之一“厕所里的花子君”为题材的电影。故事主要围绕着花子君和他的助手八寻宁宁展开，揭示了他们在没有大事发生时的日常生活。

花子君是一个神秘的存在，他住在学校的厕所里，据说能实现人们的愿望。他拥有超凡的能力，能够看到人们内心的烦恼和困惑，并通过自己的方式给予帮助。然而，在没有人寻求帮助的时候，花子君和宁宁过着平静而寂寞的生活。

在学校里，花子君和宁宁被视为怪人，很少有人与他们接触。但实际上，他们对于学校的学生和老师们来说，扮演着重要的角色。每天放学后，他们会在厕所里等待那些需要帮助的人。然而，当没有人来找他们时，他们会做些什么呢？