在《猪猪侠之南海日记 第二季》中，猪猪侠和阿五继续承担着南海生态调查任务，他们的忠诚伙伴——海豚聪聪也与他们同行。这次的任务资料异常复杂，让他们感到困惑，然而他们凭借旺盛的好奇心和无边的想象力，迎接了一个又一个谜题。

然而，坏坏博士为了击败猪猪侠，总是刻意在一旁制造麻烦。他的存在给猪猪侠和阿五带来了很多困难，但是他们总能凭借勇气和智慧与坏坏博士进行智力较量。猪猪侠和阿五的目标是保护海洋环境和珍贵的生物，同时将生态资料完整地记录下来。他们明白，只有通过正确的方法才能真正保护海洋的生态系统。