《台湾黑猫旅社》是一部以台湾的黑猫旅社妓院为背景的电影。故事发生在上世纪某个时期，其中涉及到了极其复杂的政治背景。

故事的主要人物是国民党海军陆战队的两名中校，郭秀峰和孔超。两人因为对歌女李萍萍的争风吃醋而引发了一系列轩然大波，然而这一切都是国民党情报部门设下的陷阱和圈套。

这个阴谋的幕后黑手是方忠笠，一个阴险狡猾的“黑猫”情报局官员。黑猫旅社成为了罪恶滋生的地方，方忠笠利用各种手段制造了一连串涉及“中共几点建议”谈话的事件，将郭秀峰和孔超卷入其中。

方忠笠甚至勾搭上了参谋长孔全军的妻子，离间了郭秀峰和他的上司罗友怀之间的关系，同时也挑起了孔全军与郭秀峰之间的争斗。在这一过程中，孔全军的女儿为父亲报仇，然而她却被残忍地掐死了。整个事件被黑猫局搞得越来越复杂。