影片讲述了武林六大门派为争夺倚天剑和屠龙刀展开殊死搏斗，而武学奇才张无忌（林峯饰）引领明教与这些名门正派展开激烈对抗的故事

故事一开始，张翠山（古天乐饰）和殷素素（朱晨丽饰）带着儿子张无忌从冰火岛归来，却被六大门派逼至绝境而死。张无忌身中玄冥神掌，生死未卜。在机缘巧合下，张无忌得到了传世武功“九阳神功”，并成功驱除寒毒。为了向义父金毛狮王谢逊（徐锦江饰）报仇，张无忌回到中原，与蒙古郡主赵敏（文咏珊饰）、青梅竹马周芷若（邱意浓饰）以及明教圣女小昭（云千千饰）等人相遇。最终，他在光明顶上阻止了一场武林浩劫，并成为了明教的教主。