在前一部的剧情基础上，《黑客帝国2：重装上阵》继续呈现着人类与机械之间的宿命对抗。机械大军集结全力，准备入侵隐藏在地底的最后都市锡安。与此同时，锡安的人们寄望于莫斐斯所找到的救世主尼欧，相信他将实现祭师的预言，结束人类与机器之间的长久战争。然而，尼欧却在自己的梦境中陷入苦恼，他面临着前所未有的压力和困扰。

母体的发现让情势更加紧迫，锡安原来隐藏在地球核心附近，而机械入侵的倒计时只剩下七十二小时。为了阻止机械的进攻，人类的唯一希望是找到那位被称为关键人物的神秘人物。然而，这位关键人物却受到一对拿手弹簧刀的大坏蛋双胞胎的看守，他们拥有如鬼魂般的隐形能力，让任务变得更加艰巨。

尼欧肩负着维系人类存亡的重要任务，但他将面临更大的阻碍和挫折。他无法想象的命运选择也在他面前阻挡着他的前进之路。正如先知所言：“你不是来这里做选择，你早已经作出选择了，你只是来这里了解自己为何会做出这样的决定。”尼欧是否能够承受这巨大的压力，完成他的使命，一切都充满了未知。