在电影《009-1》中，故事背景设定在一个东西冷战长达170年的未来世界。整个地球被分割成东部和西部两个对立的势力，两者之间时刻爆发着紧张的对峙。为了在这个紧张的局势中获取情报、维护平衡，一个神秘的机构应运而生——“Zerozero机关”。

“Zerozero机关”是一个秘密的谍报组织，其任务是在东西两大势力之间进行情报搜集和谍报活动。组织中的特殊部队由人工控制的机械人组成，而这些机械人都以00号码来标识。主人公ミレーヌ·ホフマン就是其中的一员，她隶属于“9小组”，代号009-1。

在这个充满危险的世界里，009-1拥有一个既美丽又神秘的身体，内藏着各种高级武器和技术。她不仅是一名机械人，更是一位出色的谍报员。为了完成任务，她不惜赌上性命，毫不犹豫地投入到每一次危险的谍战行动中。