电影《瑠璃之岛》发生在日本最南端的鸠海岛上，这座小岛上仅有49位居民，唯一的公共设施是一所将要废止的小学。平均年龄已经达到了63.5岁，鸠海岛很可能成为无人岛。岛民们为了防止这里变成荒岛，迫切需要孩子来填补学校的空缺。 为了达成这个目标，岛民仲间勇造前往东京，希望能将自己七岁的外孙接回鸠海岛上学。然而，由于女儿的坚决反对，计划未能实现。不久之后，勇造在东京街头与一个名叫藤泽琉璃的女孩相遇。这名十一岁的琉璃失去了父亲，被母亲寄养在福利院。由于母亲的冷漠，琉璃养成了叛逆的性格。 在得到琉璃母亲的同意后，勇造决定将琉璃带回小岛。岛民们听说有孩子来上学，都纷纷赶到岸边欢迎琉璃。然而，很快大家就意识到琉璃的叛逆性格。琉璃因为鸠海小学的早苗老师要求她弄直卷发而大发脾气，甚至尝试乘船离开海岛。幸运的是，一位名叫川岛达也的男子及时救了她上岸。
