在神话的世界中，夜叉被奉为半神，起源于大梵天的脚掌。《夜叉2000》以这个神秘的存在为灵感，构建了一个充满科技和神秘的故事，将传统神话元素与现代科技相结合。 故事的主人公是同卵双胞胎有末静和雨宫凛。这对双胞胎被高科技制造而成，拥有超越常人的能力和智商。然而，他们在成长过程中经历了完全不同的环境，导致了他们截然不同的性格和命运。 静度过了平凡而幸福的童年，随后被送往美国学习，成为一名杰出的科学研究人员。与此同时，弟弟凛则在秘密的环境中长大，内心充满阴沉。两人原本毫无交集，直到静回归小岛进行调查，一切都开始发生变化。 调查的过程中，静揭开了潘多拉的盒子，释放了一系列罪恶和美好的故事。故事中的夜叉象征着双生命的相辅相生，既慈悲又凶残。而谁才是真正的夜叉，似乎已经变得难以分辨。
