在古老的帝国拉普达上空，漂浮着一座神秘的机器岛，成为了传说中无人居住，却蕴含着巨大财富的地方。这座飞行岛成为了无数人的梦想之地，无论是军方还是海盗，都渴望能够找到它。故事的主人公是一名名叫巴鲁的矿工，一次偶然的机会，他遇到了拉普达的继承人希达，两人在第一次相遇时就产生了一种奇妙的默契。

希达身上携带着一件关乎拉普达帝国命运的关键物件——飞行石，这使得她成为了军方和海盗双方争夺的目标。在一次突发的危机中，巴鲁毅然决定与希达一同逃离，但他们并未能逃脱军方的追捕，最终导致希达被军队掳走。

为了营救朋友，巴鲁被迫选择与海盗展开合作。这一不同寻常的团队合作将他们卷入了一场涉及拉普达帝国未知阴谋的旅程。在与海盗的努力下，他们成功地解救了被俘的希达，同时揭示了军方背后邪恶计划的真相。