东京八丈岛近海，一座名为“太平洋浮标”的海洋设施即将启用，它连接了全球各地警方的监控摄像头，成为了国际警务合作的一个关键节点。为了使这一设施与欧洲刑警组织联网，各国的IT工程师汇聚于此，为设施的顺利运行提供技术支持。然而，在这座设施正式投入使用之前，一项新技术的测试也正在进行，这项技术利用了人脸识别系统，引发了人们的极大兴趣。 与此同时，柯南和少年侦探团受邀到八丈岛，准备欣赏赏鲸的壮观景象。就在这个时候，柯南接到了冲矢昂（赤井秀一）的电话，得知了欧洲刑警组织的一名成员在德国遭到了琴酒的杀害。为了揭开真相，柯南偷偷地混入了负责警备工作的警视厅人员的警备艇，一同前往“太平洋浮标”内部。然而，随后发生了一起案件：一名女性工程师被神秘的黑衣组织绑架，她手中携带了一枚装有重要情报的U盘，而这枚U盘也被黑衣组织夺走。 在这座海上设施内，螺旋桨声的响起令人不寒而栗。与此同时，八丈岛上的灰原哀也感到有黑影正在靠近。
