在前一部的剧情基础上，《黑客帝国2：重装上阵》继续呈现着人类与机械之间的宿命对抗。机械大军集结全力，准备入侵隐藏在地底的最后都市锡安。与此同时，锡安的人们寄望于莫斐斯所找到的救世主尼欧，相信他将实现祭师的预言，结束人类与机器之间的长久战争。然而，尼欧却在自己的梦境中陷入苦恼，他面临着前所未有的压力和困扰。