在电影《009-1》中，故事背景设定在一个东西冷战长达170年的未来世界。整个地球被分割成东部和西部两个对立的势力，两者之间时刻爆发着紧张的对峙。为了在这个紧张的局势中获取情报、维护平衡，一个神秘的机构应运而生——“Zerozero机关”。