电影《20世纪少年：第二部最后的希望》延续了第一部的故事线，继续讲述了一群人的抗争与希望

在2000年的血腥除夕夜，贤知（唐泽寿明饰）等人竭力抵抗了名为“朋友”的人类灭绝计划，但失败了。随后，“朋友”被宣扬为救世主，而贤知一派则被污蔑为恐怖分子。

2015年，贤知的甥女远藤神乃（平爱梨饰）成长为坚强的青少年，她反感教科书对舅舅的不公正描绘，与老师发生争执。最终，她和另一位曾对血腥除夕夜提出质疑的女孩小泉响子（木南晴夏饰）被送入了“朋友乐园”，引发了新的疑问。

同时，一个新的万国博览会即将在日本举行，罗马教宗也将来访。在这个时刻，被关押在集中营的阿区（丰川悦司饰）越狱，贤知一派的幸存成员开始聚集。