电影《IS~性别不明》讲述了高中生星野春（福田沙纪 饰），她看似和一般女生没有什么不同，但实际上她是一个双性人，被称为IS。这一性别认同问题成为了她生活中的巨大困扰。在上高中之前，她一直作为男生生活，并且性格也颇为阳刚。然而，由于户籍上登记为女生，她被迫按照学校的规定穿女生校服，开始了女孩的生活。尽管感到不自在和别扭，她为了追求成为一名糕点师，选择了接受这一改变。

星野春的新学校生活充满了挑战和尴尬。她在学校遇到了许多让她感到不自在的情况，但她也结识了相原美和子（刚力彩芽 饰），一个和她一样是IS患者的新朋友。此外，她还第一次感受到了对男生伊吹宪次（井上正大 饰）的情感，这让她感到困惑和心跳不已。

起初，星野春对自己的心理和生理变化感到排斥和困扰。然而，随着一系列事件的发生，她开始逐渐理解和接受自己的性别认同问题。