电影《阿南的小情人》讲述了高中生崛切千代和邻居男孩马南瞬一之间发生的一段奇妙爱情故事。

故事的主人公是崛切千代，一个普通的高中生。她和马南瞬一是青梅竹马，但已经有一段时间没有说过话了。然而，当千代意外看到阿南和其他女孩在一起时，心中涌现出嫉妒和羡慕之情，她渐渐意识到自己对阿南的情感。

一天，千代与家人发生了争吵，而后发生了一场意外，她变成了只有15厘米大小的微缩人。面对这一变故，千代只有一个选择，将自己藏在马南瞬一的家中，瞒过家人。然后，她展开了与阿南的离奇同居生活。