故事背景设定在全球怪物灾难肆虐的年代,1966年,世界各国成立了地球防卫队(GGF),旨在应对来自地球内外的怪物和外星生命的威胁。然而,随着人类对自然界的破坏和全球变暖的不断加剧,威胁也日益严重。
一天晚上,一种名为宇宙甲壳怪物巴赞甲的生物出现,地球防卫队的清理行动陷入了困境,比留间弦人领导的特殊部队陷入了绝望之中。就在危机之际,一个神秘的巨人出现了,他代号为“奥特曼”,数十年来一直在宇宙中传承着他的传说。
后来,弦人被召唤到指挥中心,接到了成为特殊怪兽对应分遣队(SKaRD)指挥官的任务。SKaRD是一支秘密组织的特殊怪兽反应分队,他们驾驶着巨型怪物形状的机器人阿斯加隆,对抗着怪物灾难。同时,他还受命调查在巴赞甲之战中出现的奥特曼是否是不可或缺的敌人。