《机动战士高达 水星的魔女 第二季》带领我们进入了星元122年的时代，这是一个众多企业扩展到宇宙并构筑了巨大经济圈的时代。在这个时代中，主人公斯莱塔・墨丘利转学至阿斯提卡西亚高等专门学园，同时也是高达股份有限公司的一员。在这里，她开始了充满邂逅与刺激的学园生活，并成为了米奥莉奈・伦布兰的新郎。

故事继续发展，距离奎达工厂事件已经过去了两周，斯莱塔每天都在学园期盼着与米奥莉奈的重逢。而米奥莉奈则守望着在贝纳里特集团总公司受伤的父亲。然而，新的困难和挑战接踵而至，迫使她们不得不做出艰难的抉择。

这两位少女将怀抱着各自的信念和想法，勇敢地面对高达带来的强大诅咒。第二季的《机动战士高达 水星的魔女》将继续探讨冒险、友情和命运的主题，带领观众进入一个充满科幻和情感的世界。