《巴啦啦小魔仙之魔法海萤堡》故事的主角是人类海昕和夏凡，两位因为一次偶然的机会获得了梦寐以求的魔法能量，成为了小魔仙。在魔仙希雅的同意下，她们与希雅一同肩负起守护人类世界和魔法海洋的责任。

故事开始时，希雅带领海昕和夏凡参与调查污染魔法海洋的任务，这个过程中结识了海萤堡的海达王子及其他魔仙。在众人合力努力下，他们克服了一系列困难，共同迎接了一个又一个挑战。调查的深入让他们逐渐揭开了一个个谜团。

在寻找污染魔法海洋的真相的过程中，魔仙们发现了被称为深点的海兽巢穴，而海兽与海萤堡失踪的国王和宝贝千年之星有密切关系。整个海洋也因黑气污染而面临严重危机。为了解救魔法海洋，魔仙们决定寻找消灭黑气的方法。