在第二次新吉恩战争、别名夏亚的叛乱终结后，地球圈取得了短暂的和平这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地工业7号上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的比斯特财团将把最高机密拉普拉斯之箱交给新吉恩的残党军袖付。另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织拉普拉斯之箱的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－机动战士高达独角兽托付给他。随后，一场围绕拉普拉斯之箱的战争开始了……